A pesar de que en los últimos tiempos son varias veces al año los que aparecen ataques a templos y cofradías de toda la geografía española, no se trata de un fenómeno reciente en absoluto. Siempre han sido el gran apoyo del pueblo del llano, pero también las principales víctimas en épocas de crisis y convulsiones sociales, generalmente bajo factores políticos e incluso económicos. Ya en el siglo XIX encontramos la desamortización y en el siglo XX los sucesos de la proclamación de la Segunda República y de la Guerra Civil. Pero es a partir de la segunda mitad de la centuria cuando estos fenómenos suponen ya ataques constantes y aislados, cuyo único fin es el robo de dinero u objetos materiales, aunque en ocasiones estos actos incluyen igualmente daños a las imágenes sagradas. Quizás uno de los capítulos más negros de la Semana Santa de Sevilla fue el ataque perpetrado a la imagen del Cristo de las Almas hace ahora tres décadas, aún muy presente en el colectivo cofrade sevillano.
Corría el año de 1989. Apenas unos días pasados de un nuevo Miércoles de Ceniza, la Hermandad de los Javieres recibe uno de los más grandes varapalos de su joven historia. El día 21 de febrero, martes para mayor coincidencia, la imagen del Santísimo Cristo de las Almas amanecía violentamente atacada. Durante la madrugada, unos ladrones accedieron a una solitaria Parroquia de Omnium Sanctorum para desvalijar cuantos cepillos se encontraban en el templo, así como un alfiler de oro de Nuestra Señora del Carmen. Se trata de la tercera cofradía sevillana que sufría hurtos aquel año.

Sin embargo, más allá de los robos materiales y percatados de que la efigie cristífera se encontraba a los pies del presbiterio tras haber celebrado solemne besapiés durante el fin de semana, procedieron a golpear la imagen. Los hermanos de la corporación del Martes Santo encontraron la escena al día siguiente, comprobando que la imagen tenía una profunda grieta en el brazo derecho que provocó prácticamente un descolgamiento. Además, había sido dañado daño en la parte posterior de la cabeza, habiendo recibido golpes con un objeto contundente. La cofradía se apresuró entonces a ponerse en contacto con Antonio Dubé de Luque para realizar una reparación de urgencia, contemplándose la posibilidad de ser trasladado tras la Semana Santa a ICROA (Madrid) para ser intervenido, por mediación de la Junta de Andalucía.
Sin embargo, tras el estudio sobre su estado de conservación, la junta de gobierno decidió que en la Semana Santa de 1989 la imagen del Santísimo Cristo de las Almas no realizara estación de penitencia a la Santa Iglesia Catedral, decisión respaldada en cabildo extraordinario ante la falta de tiempo para llevar a cabo una restauración inmediata. Pero los hermanos no olvidaron a su Titular, organizándose turnos de vela por parte de los nazarenos ante el crucificado durante todo la jornada del Martes Santo. Incluso podía ser visitado mientras la cofradía cumplía con la salida procesional con el paso de palio de María Santísima de Gracia y Amparo. No obstante, la hermandad decidió respeta el lugar del paso de Cristo, apareciendo un espacio simbólico flanqueado por los cuatro manigueteros, que portaban cirios apagados delante de la cruz parroquial. También las bocinas participaban del cortejo.
Como señal de respeto, la junta de gobierno de la corporación de la calle Feria pidió a los sevillanos que, a modo de desagravio, se levantaran de sus asientos en la Carrera Oficial a la llegada de los cuatro nazarenos que guardaban el espacio en el que debería ir el Cristo de las Almas. Sin embargo, frente a este duelo, la jornada también quedó grabada en la Historia de la Semana Santa hispalense por ser la vez primera que Sevilla contemplaba la llegada de la Hermandad del Cerro del Águila a la Plaza de la Campana.
Finalmente, la imagen del Santísimo Cristo de las Almas fue restaurada por Jesús Santos Calero, volviendo a ser modificada en 1998 por Juan Manuel Miñarro López, quien levantó repintes, efectuó una limpieza general de la policromía y realizó una nueva corona de espinas.
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