Tal día como hoy, 4 de septiembre, del año 1800 salía Nuestro Padre Jesús de la Sentencia desde la Parroquia de San Gil en procesión de rogativas para que cesara la epidemia de fiebre amarilla que asolaba a la ciudad de Sevilla. Esta salida procesional se completó con las imágenes de San Sebastián y San Gil Abad, ambas pertenecientes a la sede canónica de la corporación y hoy desaparecidas tras las sucesos de 1936. Sólo se recuperó la talla de San Gil, que preside el templo sevillano, siendo obra de Antonio Castillo Lastrucci.
En el año 1800 existía una clara evidencia de la situación de crisis que vivían las hermandades. Sin embargo, las salidas extraordinarias en forma de rogativas se multiplicaron, tanto las relativas a las hermandades de penitencia como a las glorias; incluso se verían nazarenos en la calle. Al declive de las cofradías por la llegada de la Ilustración, que se vería acentuada a partir de 1808 con la ocupación francesa de España, se sumaba la expansión de la epidemia de fiebre amarilla.
Según relata Manuel Jesús Roldán, a mediados de agosto del año 1800 aparecían en Triana los primeros casos de esta pandemia, posiblemente contagiados a través del río Guadalquivir, que parecía recordar las plagas medievales. Desde el arrabal ribeño se expandió rápidamente a las zonas de los Humeros, San Lorenzo y San Vicente, contagiando así progresivamente a toda la ciudad durante cuatro meses.
El día 2 de septiembre los cabildos canónigos de la Catedral y los capitulares del Ayuntamiento hicieron estación de rogativas a la Ermita de San Sebastián con una reliquia del santo, protector contra las epidemias desde la Edad Media. Dos días más tarde, también la Parroquia de San Gil se unió a estas rogativas. De este modo, la ciudad entera se pobló de imágenes y procesiones buscando la salvación de la ciudad, como Nuestro Padre Jesús del Gran Poder (7 de septiembre o el Cristo de las Tres Caídas de San Isidoro (21 de septiembre), seguidos en la semana siguiente por la Virgen de Todos los Santos y la cofradía de la Sagrada Entrada, con el Cristo del Amor y el desparecido Cristo de la Salud de San Bernardo con “muchos nazarenos descalzos delante del paso con cirios” y los niños del Real Colegio de Náutica de San Telmo.

También en estas procesiones extraordinarias participaron los titulares de cofradías hoy extinguidas, como el Crucificado de la Hermandad de las Virtudes, de la Parroquia de San Isidoro. La Virgen del Valle fue otra de las imágenes que recorrieron las calles de Sevilla para auxiliar a la población, así como la Hermandad de la Virgen del Amparo, que organizó una procesión con el Santísimo, San José y San Sebastián, o el Cristo de la Humildad y Paciencia, también acompañado de hermanos nazarenos. Igualmente, salieron en procesión de rogativas El Prendimiento, Nuestra Señora de la Paz de la Parroquia de Santa Cruz y las vírgenes del Rosario de San Miguel, San Gil y San Vicente. José María Blanco Whitte insistió también en la gran devoción de Nuestra Señora de la Salud de la Parroquia de San Isidoro. Tras La Exaltación, el Santo Crucifijo de San Agustín saldría en procesión extraordinaria el día 22 de septiembre, al que seguirían el Cristo de la Buena Muerte de San Andrés, San Fernando, Santas Justa y Rufina, la Virgen del Rosario y hasta la imagen de San Cristóbal de la Iglesia Colegial del Salvador. El mes se cerró con la procesión de la Virgen de los Reyes por las gradas catedralicias, refiriendo los cronistas de las época que hubo “otras varias en Sevilla y Triana”.
A pesar de los rezos y procesiones, el contagio avanzó implacable durante varias semanas. Cada día se contabilizaban más de 300 muertes, lo que motivó la reapertura de fosas comunes junto a la Ermita de San Sebastián y en la calzada de la Macarena para el entierro apresurado de los miles de fallecidos. Hasta finales de noviembre no comenzaría a remitir la mortandad masiva. El recuento final de fallecidos se resume en 14.685 personas, sólo hasta el 30 de noviembre, aunque la epidemia no se erradicaría hasta la primavera del próximo año. No obstante, hasta el 28 de marzo de 1801 no se decretaría la libre comunicación con una parte de la zona de Cádiz. Aquel año procesionarían en Semana Santa sólo seis cofradías, la mitad que el año anterior.
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