Entre 1996 y 1997, el Instituto Andaluz de Patrimonio Histórico realizó el proyecto de intervención en la imagen de Jesús de las Penas. Antes, el titular de la corporación del Domingo de Ramos había sido intervenido en otras ocasiones, como la que llevó a cabo Luis Ortega Bru en 1982, restauración que tuvo que concluir Manuel Calvo Camacho al fallecer el imaginero de San Roque.

Los hermanos Cruz Solís llevaron a cargo la restauración de la talla. En un principio, pretendían eliminar los soportes de hierro que tenía en su interior y sustituirlos por espigas. Sin embargo, comenzaron a aparecer señales que mostraban que la imagen necesitaba una restauración más profunda, como una fisura en la cabeza. En la parte trasera, existían unos puntos, que finalmente se descubrió que eran poliéster. Sin embargo, a la hora de eliminar el poliéster del pie izquierdo asomo una grieta. Otro detalle que dio buena cuenta del estado de la imagen fue la aparición de unas juntas que fueron tapadas en el siglo XIX y que rondaba el centímetro y medio es grosor. Esta restauración practicada en la centuria decimonónica arrojó que las medidas llevadas a cabo habían sido superficiales, pues no se habían tapado en profundidad sino solo para disimular estos problemas.
Los hermanos Cruz Solís decidieron entonces realizar radiografías a la imagen para conocer el sitio exacto donde se encontraban los hierros. Al retirar el poliéster y los clavos descubrieron un agujero en el brazo derecho, por la zona más próxima al hombro y también grietas en la cabeza debido a una mala colocación de las potencias. Una de las sorpresas que deparó la restauración de la imagen fue que por dentro estaba parcialmente hueca. Pero todavía quedaba la gran incógnita por resolver.
Gracias a un análisis con un endoscopio se halló un pergamino que decía lo siguiente: “En la ciudad de Sevilla año de mil y seiscientos y/cincuenta y cinco; gobernando la Silla Apostólica/nuestro muy Santo Padre Alejandro séptimo/de este nombre y asimismo Reinando en España/nuestro católico Monarca Felipe cuarto de/este nombre; hizo este Santísimo Cristo de/las Penas José de Arce de nación Flamenco/para una Cofradía del título de las Penas de/Cristo Nuestro Señor y triunfo de la Cruz que/la fundó en Triana Diego Granado y Mosquera el año de 1644”.

No solamente se descubría la autoría de la imagen a quienes algunos habían atribuido a Jerónimo Hernández o al círculo próximo de Pedro Roldán sino que se establecía la fecha exacta de su hechura así como información valiosa sobre las circunstancias de su encargo y su promotor. Con una nueva obra de este escultor flamenco, que trabajó en Sevilla entre 1636 y 1666, fecha en la que fallece, se dio un gran paso hacia el conocimiento no solamente de su producción sino de la escultura andaluza en pleno barroco. Después de este descubrimiento, se tomó la decisión de volver a colocarlo en el interior de la imagen de Nuestro Padre Jesús de las Penas, siendo testigos 25 personas, las cuales fueron apuntadas con sus nombres y apellidos en el diario de los restauradores. Tras las labores de restauración, la imagen, de una altura de 1,46 y realizada en madera de cedro posteriormente policromada, volvería días más tarde a la capilla de la Estrella.
La hermandad, en su boletín oficial, recogió este hallazgo en febrero de 1997 que, tras más de diez años después, sigue siendo uno de los grandes descubrimientos que arrojó luz no solamente sobre la autoría de Nuestro Padre Jesús de las Penas sino también a la producción de José de Arce.
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