La hermandad de Santa Cruz se funda en 1904 gracias a la devoción de un grupo de devotos entorno al Cristo de las Misericordias. Sus primeras reglas son aprobadas el 13 de septiembre de aquel año por el Cardenal Spínola y un año después hace estación de penitencia con la ayuda de importantes familias de la feligresía perteneciente a la Parroquia del Sagrario y de otras hermandades que le prestan parte de sus enseres para poder procesionar.
Fue el 18 de abril de 1905 y no salió desde su iglesia de Santa Cruz sino del Convento de Madre de Dios, situado en la calle San José. El motivo de hacer su salida desde allí fue que el paso que consiguieron adquirir prestado, el del misterio del Duelo del Santo Entierro, no cabía por la puerta del templo de la calle Mateos Gago.
Después de las siete y media de aquella tarde de Martes Santo, salió el cortejo compuesto de 111 nazarenos. El Santísimo Cristo de las Misericordias empezó a mirar el cielo de las calles de la judería y cuando llegó al barrio de Santa Cruz ya muy cerca de la Catedral tuvo que solventar un gran problema. Las andas del Cristo no sólo no cabía por la puerta de la Parroquia de Santa Cruz, sino que tampoco lo hacía por la calle Segovia, situada entre Argote de Molina y Abades.
Para arreglar el imprevisto, tuvieron que desmontar los respiraderos. Esto provocó un notable retraso por el que la cofradía decidió acortar su recorrido para llegar a la Carrera Oficial. Sin embargo, cuando llegaron a la Puerta de San Miguel para hacer estación de penitencia a la Catedral de Sevilla, se encontraron con la puerta cerrada.
La hermandad no tuvo más remedio que resentirse por no hacer estación de penitencia a la Catedral por culpa de la inoportuna estrechez de la calle Segovia que no midieron. Al siguiente Martes Santo, los hermanos de Santa Cruz no se vieron con este problema porque fueron los Padres Escolapios los que prestaron un paso con el que había procesionado San José de Calasanz y que resultaba de menos dimensiones.
En aquel año el Cristo de las Misericordias iba acompañado por la Virgen de los Dolores que tallara Emilio Pizarro que estaba dispuesta abrazando a la Cruz. Además de San Juan y las Tres Marías. Eran años difíciles para una nueva hermandad que no salió en 1909 por problemas económicos. A ello se le añadió el fallecimiento de Francisco Pacheco y Núñez del Prado, único Hermano Mayor que había tenido hasta entonces la cofradía. Este suceso desarrolló un gran declive en la corporación que poco a poco hizo que prácticamente acabara casi extinguida.
Gracias a un grupo de feligreses, la hermandad recupera su actividad en 1917. Tras reorganizarla vuelven a hacer estación de penitencia y a llevar a cabo la idea de procesionar con un palio. Sin embargo, el propósito no sólo no llegó a buen puerto sino que provocó la dimisión en cadena de los miembros de la Junta de Gobierno que tuvo que ser sustituida por una “Junta de Emergencia”.
La Hermandad de Santa Cruz empieza a consolidarse a partir de 1922, sobre todo en 1947 cuando permite que las hermanas pertenezcan al cortejo de nazarenos, sin vestir túnica, pero llevando un escapulario del Cristo de las Misericordias. En 1957 retorna a la hermandad la Imagen de la Dolorosa que en un principio prestó Fernando Ibarra Llorente y que en aquel año la donaba para siempre. Esta concesión llevó a guardar en las dependencias de la parroquia de Santa Cruz la hasta entonces Dolorosa de Pizarro.
La Imagen que donara Fernando Ibarra y que se atribuía a Blas Molner fue la primera Virgen de los Dolores de Santa Cruz en salir bajo palio. Lo hizo en la Semana Santa de 1965 en un palio con orfebrería de Emilio García Armenta a excepción de la candelería de los Talleres Angulo y con bordados realizados por Guillermo Carrasquilla. Para tal importante estreno para la Semana Santa y la Hermandad de Santa Cruz en particular, la Virgen de los Dolores fue restaurada por Abascal Fuentes.
Poco más tarde, la Dolorosa fue sustituida por la talla de Antonio Eslava Rubio que es la que conocemos en la actualidad. La nueva Virgen de los Dolores salió por primera vez el Martes Santo de 1968. Lo que conocemos de la antigua Dolorosa que fue la primera en salir bajo palio es que fue entregada a la Parroquia de Bonares (Huelva) donde a día de hoy sigue recibiendo culto.
