A pesar de sus dimensiones, la capilla del Museo guarda en su interior importantes obras de arte. Una de ellas es la Virgen de la Merced, uno de los mejores ejemplos de imaginería mercedaria en la capital, y que se encuentra en una de las capillas laterales del templo.
La Virgen aparece sedente, sobre un sitial que descansa sobre una nube de ángeles. Representa la aparición de la Virgen al santo fundador de la orden, San Pedro Nolasco, que tuvo lugar en el convento de mercedarios de Barcelona. Cuenta que este solía pasar la noche rezando en la capilla del convento. Observó que llegaba la hora del rezo de maitines y se encontró con que la campana no había sido tocada a su hora, debido a un olvido del lego. Entonces, el santo decidió dirigirse hacia la iglesia para ver qué pasaba. Y, según cuentas las crónicas, encontró a la Virgen sentada en la silla prioral, presidiendo el coro, y con ángeles a su alrededor. La Virgen llevaba puesto el hábito de la Orden de la Merced, mientras que los ángeles vestían de frailes mercedarios. Los frailes, que fueron llegando poco a poco, quedaron sorprendidos al ver la escena.
A partir de entonces, una de las representaciones que se repetiría, sobre todo en la Orden mercedaria, sería la de esta aparición. En Sevilla, la Virgen presidía el coro de la Casa Grande de la Merced Calzada, hoy actual museo de Bellas Artes, siendo una de las imágenes más veneradas por la citada Orden. Por este motivo también se le conoció como “Virgen del Coro”, además del de “La Comendadora”. Y no fueron estos los únicos apelativos con el que fue bautizada por parte de los frailes, ya que durante una tormenta, un rayo acabó alcanzando el coro de la antigua iglesia conventual y destrozó parte del patrimonio. A pesar de ello, la Virgen resultó ilesa, siendo también conocida como “la Virgen del Rayo”. Tras la exclaustración del convento, algunos de los bienes pudieron ser rescatados, mientras que otros acabaron dispersándose por la geografía o perdiéndose para siempre. En el caso de la Virgen de la Merced, la hermandad del Museo pudo conservar la imagen, una de las más queridas por la Orden.
El 15 de febrero de 1992, la imagen cayó desde su sitial, rompiéndose en varios fragmentos. Restaurada por Francisco Berlanga, en su interior se encontró un papel perteneciente al siglo XVIII, del que poco trascendió. ¿La autoría de la imagen? ¿Una restauración? El propio Berlanga interpretó aquel papel como la restauración de un anónimo en el siglo dieciochesco, por lo que la obra podría ser anterior…
La imagen, de 1,75 m. ha sido objeto de análisis por parte de los investigadores sobre su autoría. Celestino López Martínez afirmaba que era obra de Jerónimo Hernández, quien la tallaría en 1584. Sin embargo, otros apuntaban a la gubia de Juan de Oviedo. Finalmente, Antonio Torreón Díaz retrasó su hechura hasta 1735, atribuyéndola a José Montes de Oca. Ceán Bermúdez también defiende esta tesis, comparándola con la Virgen de los Dolores, de los Servitas, y con la imagen de Santa Ana que se conserva en El Salvador.
La última vez que recorrió las calles lo hizo en 2005. La hermandad sacramental de San Vicente quiso celebrar con especial énfasis la procesión eucarística, dentro del denominado Año de la Eucaristía. Aquel domingo posterior a la celebración del Corpus, cuando el reloj pasaba de las ocho de la tarde, tres pasos asomaron por la puerta de la parroquia: el Dulce Nombre de Jesús de la Vera Cruz, la Virgen de la Merced y la custodia de las Siete Palabras sobre las andas procesionales del Corpus de la hermandad de San Bernardo. La Virgen apareció sobre el paso de la Virgen de las Aguas, dejando imágenes para el recuerdo que pueden consultar aquí.
