El Domingo de Ramos de 1959 pocos cordobeses podrían imaginar que sería la última vez que vieran procesionar la imagen de María Santísima de la Amargura por las calles de la ciudad califal. La dolorosa que tallara José Callejón en 1942 para la hermandad del Rescatado se incorporó a la Semana Santa en el año 1945, cuyo Domingo de Ramos coincidió paradójicamente en 25 de marzo, si bien la lluvia retrasó este proyecto hasta el año siguiente. Además, debieron cambiarse los estatutos de la cofradía en 1945 para incorporar la advocación al título corporativo de la hermandad, saliendo en un modesto y sencillo paso sin palio.
El deterioro de las andas que portaban cada año a María Santísima de la Amargura condujo a que, en 1960, dejase de salir de manera indefinida. Entre 1965 y 1966, Juan Martínez Cerrillo llevaría a cabo una profunda reforma a la imagen, tanto en el rostro como en el candelero, cambiando incluso la dirección de la mirada, pues originariamente la tenía hacia arriba y actualmente posee una mirada hacia delante y ligeramente baja.
La intervención de la talla impulsó a la hermandad la reconsideración de incorporar nuevamente a la dolorosa en el cortejo procesional. De este modo, en 1968, la Virgen de la Amargura volvió a procesionar en la Semana Santa cordobesa de manera definitiva hasta nuestros días. Cerrillo también diseñó el antiguo paso de palio, obra de Talleres Angulo y que presentaba la originalidad de poseer unas bambalinas labradas en cuero repujado y policromado.
Dos décadas más tarde, la Virgen de la Amargura volvía al primer plano del panorama cofrade cordobés. En el año 1988, un vehículo atropelló el paso de la Virgen durante un ensayo de costaleros. Aunque no se lamentaron graves consecuencias, aquel suceso sirvió para que el Ayuntamiento de Córdoba comenzase a regular este tipo de actividades. Apenas terminado el paso de palio a lo largo de estos años, habría que buscar nuevamente otro palio con el que procesionar. Así, en 1991 se cambian las bambalinas por unas en color azul noche con flecos de oro, aunque no será hasta 2005 cuando se termine el bordado de la bambalina frontal, llevándose a cabo su terminación en los próximos años. En 1999, la imagen fue nuevamente restaurada por Antonio Bernal y Francisco Romero Zafra.
Cada Domingo de Ramos la Virgen de la Amargura luce sobre sus sienes una corona de plata dorada que posee numerosos objetos simbólicos, como dos ángeles que sujetan el escudo de la hermandad o una miniatura en plata de Jesús Rescatado. Además, posee dos mantos de salida: el antiguo de terciopelo azul claro con bordados de recortes de oro, y el actual estrenado en 1988 de terciopelo azul oscuro con el bordado en oro de la anagrama de la Virgen –que es el que porta actualmente–.
En 2016, la hermandad cumplía su 75 aniversario fundacional. El 1 de octubre, tanto el Señor Rescatado como la Virgen de la Amargura efectuaron en sus respectivos pasos una salida extraordinaria hacia la Santa Iglesia Catedral, donde se celebró una misa presidida por el obispo Demetrio Fernández. Fue la primera vez que María Santísima de la Amargura entraba en la Santa Iglesia Catedral, portando para la ocasión el antiguo manto de salida.
