Entre los años 1985 y 1986 la dolorosa salió acompañada sin el discípulo amado
La presencia de San Juan Evangelista en la hermandad es tan antigua que antes de la que conocemos, obra de Juan de Mesa, ya existía otra anterior. Aunque no se conoce con exactitud, la primitiva debió acompañar desde el siglo XV o XVI a la anterior imagen de María Santísima del Mayor Dolor y Traspaso, donde se representaba el pasmo de la Virgen, iconografía prohibida durante la Contrarreforma.
En las Reglas de 1570 se recoge la importancia que tenía la fiesta que se celebraba el día 27 de diciembre, uno de los actos más destacables que celebraba la hermandad a lo largo del año. En 1620 se encarga conjuntamente la realización del Nazareno y del San Juan a Juan de Mesa. En el contrato se cita la fecha del primer día de octubre como terminación de la hechura de las imágenes. Al frente, Francisco De Paula Aragonés, hermano mayor, y Pedro Salcedo de Arteaga, mayordomo de la corporación.
A lo largo de su historia, la imagen del discípulo amado ha tenido varias restauraciones. Centrando la atención en el siglo XX, en 1954 fue intervenido por Antonio Illanes, quien trató sus facciones alterando la policromía conservada. Casi dos décadas después, los escultores Pérez y Castillo le colocan cuerpo anatomizado. Desde 1972 habrá que esperar hasta los años ochenta, cuando fue intervenido por los hermanos Cruz Solís.
En 1985 tuvo lugar uno de los capítulos más tristes dentro de la reciente historia de la hermandad. El 15 de marzo una gran llamarada fue extendiéndose por el interior del templo. Las imágenes fueron cubiertas con espesas telas, interviniendo los bomberos. Aquel mismo año, los restauradores Raimundo y Joaquín Cruz Solís se desplazaron desde la capital de España para comprobar cómo se encontraba la imagen de San Juan Evangelista, que presentaba una abertura en el cuello, por lo que se tomó la decisión de que aquel año no acompañara a la imagen de la Virgen durante la estación de penitencia a la catedral. La junta de gobierno había quedado tan satisfecha con la restauración que realizaron al Gran Poder tres años antes que no dudaron en contactar con los restauradores para que fueran ellos quienes contactaron para que estos realizaran un estudio previo de las imágenes.
En julio de 1986 la imagen del evangelista se traslada hasta Madrid, para ser intervenida en el Instituto de Conservación y Restauración de Obras de Arte, institución dependiente del Ministerio de Cultura, en la que se consolidaron los trabajos iniciados por los hermanos. La imagen regresó a finales del mismo mes. Volvía a su espacio el caballero propio de la España del seiscientos, concebido por Juan de Mesa con peinado, barba de perilla y bigote tal y como debieron lucir los cortesanos de un país regido por entonces por Felipe III.
Durante los dos años en los que la Virgen del Mayor Dolor y Traspaso salió en procesión sin la presencia del evangelista pudieron encontrarse opiniones enfrentadas: aquellos que preferían la sola presencia de la dolorosa porque destacaba más sobre el paso frente a quienes apostaban por la pronta incorporación del San Juan para que se completara la escena donde la Virgen es consolada por el discípulo amado. Ella, transida de dolor, acompañada por una talla de gran dinamismo, donde el cuerpo, la cabeza y la mirada se vuelven hacia la derecha, mientras que con las manos señala hacia la izquierda, indicando el camino que hay que seguir.
