Los orígenes más primitivos de la Hermandad del Huerto podían fecharse en los albores del siglo XVII en torno a la imagen de Jesús Orando, atribuido a la escuela granadina de Pedro de Mena, si bien la erección canónica de la corporación no se produce hasta 1720. En este año, el obispo Marcelino Siuri Navarro aprobaba la regla de la Cofradía de la Oración en el Huerto y Nuestra Señora de Loreto, fundada por el gremio de agricultores y olivareros en la desaparecida Parroquia de los Santos Nicolás y Eulogio de la Axerquía, donde contaba con un retablo que acogía una urna de cristal de grandes dimensiones. La estación de penitencia tenía lugar el Jueves Santo.
Este prelado de origen italiano había sido designado directamente por Felipe V para ocupar la Silla de Osio, acometiendo una amplia serie de reformas en Córdoba hasta su muerte en 1731. No sólo llevaría a cabo restauraciones en la Mezquita o intervenciones en otros templos, sino que también impulsa obras públicas, como las plazas de San Andrés o de Capuchinos. Además, Marcelino Siuri aprobará la regla de otras corporaciones, como son Los Dolores y El Calvario.
La imagen de Jesús Orando en el Huerto pasa posteriormente a la actual Parroquia de San Francisco y San Eulogio, entonces convento de franciscano. En este templo, la cofradía incorpora nuevos titulares. Por un lado, la imagen de Nuestro Padre Jesús de las Penas que pertenecía a la antigua cofradía de curtidores y guadamecileros, que cambia de advocación a Nuestro Padre Jesús Preso y Amarrado a la Columna. Se trata de una obra anónima, realizada en 1662. Por otro, una talla mariana denominada Nuestra Señora de los Dolores Gozosos, datada en el siglo XVII.
Ya a fines del siglo XVIII, la sede episcopal de Córdoba comienza a ser ocupada por obispos ilustrados a partir del obispo Miguel Vicente Cebrián, afectando a las cofradías de la ciudad. La hermandad iniciaba entonces un lento aletargamiento que le lleva a procesionar por última vez en 1797, ya sin la imagen del Amarrado. Esta situación agravaría fuertemente la decadencia de la hermandad hasta el polémico decreto del obispo Antonio Trevilla en 1820, si bien las imágenes continúan recibiendo culto gracias a los devotos y los feligreses de la collación. No obstante, estaba permitida la participación de los dos titulares cristíferos de la corporación.
La recuperación de la Semana Santa a mediados del siglo XIX supuso la incorporación de Jesús Orando en el Huerto en la procesional oficial del Santo Entierro. La cofradía permanece extinta, pues fracasan los intentos de reorganización en la década de 1860. La devoción a Jesús de la Oración en el Huerto se intensifica a partir de 1904 con el traslado de la imagen a la capilla que ocupaba el Cristo de la Expiración. Ya en 1917, la corporación queda refundada y realiza estación de penitencia dos veces en Semana Santa, una de manera individual el Martes Santo y otra formando parte de la procesión oficial del Viernes Santo, reduciéndose a la primera a partir de 1927 y siempre con las imágenes cristíferas únicamente.
La Segunda República vuelve a postrar a la Hermandad del Huerto. En 1937 vuelve a cobrar fuerza gracias a un grupo de excombatientes y procesiona el Miércoles Santo, pasando al martes en la década siguiente, cuando se une la imagen de María Santísima del Dolor, luego rebautizada como la advocación primitiva: Nuestra Señora de los Dolores Gozosos, que estrena en 1947 la actual corona de salida, obra de Gabriel Lama. Pedro Martos restauraría la imagen de Jesús Orando en 1941. Sin embargo, la crisis de la Semana Santa de Córdoba propicia la disolución de la cofradía en 1963, con nuevos intentos de reorganización en 1968.
Culmina así la etapa que la corporación del Domingo de Ramos considera como los antecedentes históricos de la actual Hermandad del Huerto, que cobraría un nuevo rumbo a partir de 1974. La cofradía custodiaría la primitiva dolorosa hasta que en 2006 fue remodelada completamente por el imaginero sevillano José Antonio Navarro Arteaga, adoptando la advocación de Nuestra Señora del Amparo como titular gloriosa de la corporación.
