Los diversos capítulos que sufren las Hermandades a lo largo de la centuria decimonónica provocan que sea este siglo el más convulso de todos cuantos han visto la historia de las corporaciones desde sus orígenes. La invasión francesa, las desamortizaciones o el sexenio revolucionario son algunos de los ejemplos que sirven para conformar a simple vista un más que agitado tablero donde el aspecto político y social no fue ajeno a las asociaciones religiosas.
Si tras la invasión francesa y la posterior llegada al trono de Fernando VII las aguas parecen calmarse para las hermandades, con la Desamortización de Mendizábal las corporaciones vuelven a ser golpeadas una vez más perdiendo parte de un patrimonio que a duras penas habían conservado tras la invasión napoleónica. Un capítulo trascendental para entender la pérdida de la riqueza que atesoraba Monte-Sión sucede en 1835, cuando es expulsada de su Colegio la Orden de Predicadores.
Pocos datos se tienen desde esta fecha hasta principios de 1842, cuando un grupo de hermanos decide reorganizar la Hermandad, pues había caído en una decadencia tal que los cultos tanto externo como internos dejaron de celebrarse. A pesar de ello, no se consiguió apagar la llama de la devoción en torno a la Virgen del Rosario, que seguía contando con el fervor de los sevillanos, motivo más que suficiente para sacar del olvido a una corporación que, como tantas otras, sufrió el expolio por aquellos años.
No tuvo que ser tarea fácil devolver el esplendor perdido si observamos algunos datos relevantes. Por ejemplo, en 1849 la cofradía no realiza estación de penitencia a la Catedral, aunque un año más tarde el paso de la Oración del Huerto forma parte del Santo Entierro Grande, precisamente el primero de todos ellos. Aun así, no se había logrado levantar el vuelo como pretendían los hermanos. Y cinco años más tarde, confían en que el traslado de las imágenes a la Iglesia de San Francisco de Paula provoque un nuevo resurgir dotándole de la fuerza necesaria para seguir adelante.
No parecía haber problema para ello, pero las desavenencias con un fraile que se negó a que los pasos estuvieses montados en el interior del templo terminó por asestar otro golpe más a la vida de una corporación a la que le sorprendía un nuevo revés. Por aquel entonces, la Hermandad estaba desposeída de enseres e insignias. Agotadas las opciones que podrían haberla sacado del estado de postración en el que se encontraba, los hermanos se ven abocados a tomar una decisión histórica.
El 8 de noviembre de 1857, los miembros de la corporación deciden por unanimidad fusionarse con la Hermandad de Jesús de la Pasión, pues la decadencia era ya una realidad tal que amenazaba con llevarse por delante siglos de oraciones en torno al misterio de la Oración en el Huerto y la Virgen del Rosario. Desde aquel año de 1835 los capítulos que había afrontado habían estado llenos de incertidumbre y, superado uno tras otro, no habían provocado un importante resurgir sino todo lo contrario. Así pues, los hermanos pusieron su mirada en la fusión con otra Hermandad, tan convencidos que incluso dejaron constancia del título que tomarían tras unirse: “Primitiva, Real e Ilustre Hermandad y Cofradía de Nazarenos de Nuestro Padre Jesús de la Pasión, Sagrada Oración del Huerto y Nuestra Señora de la Merced en sus Misterios Dolorosos del Rosario”.
Sin embargo, no pasaron ni dos años cuando, el 22 de mayo de 1859, se independizan ambas corporaciones sin que la fusión llegara a producirse. La Hermandad del Huerto continuó su camino por separado y ya en la década de los años sesenta los miembros recibieron como hermanos a los duques de Montpensier, confiando en un futuro más alentador.
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