La Hermandad Universitaria se ha visto obligada a despedirse de su sede social, la casa de la parroquia del Sagrario, cedido por el Obispado en 2015 en principio por un periodo de cuatro años a resultas de que el Obispado ha denunciado el convenio a instancias del cura párroco de la misma, Manuel Pérez Moya por necesidades pastorales de la Parroquia lo que ha obligado a la corporación del Martes Santo a trasladar su sede a la propia iglesia del Juramento de San Rafael donde sus sagrados titulares reciben culto pero donde carece de una sala adecuada para ejercer sus labores sociales.
Cabe recordar y así lo indica en su web oficial corporativa la propia institución que la Hermandad Universitaria se fundó en 1989 en San Pedro de Alcántara, iglesia regentada entonces por las Franciscanas de la Divina Pastora. El templo pasó luego a la parroquia del Sagrario y después al Seminario Redemptoris Mater; allí permanecería la Hermandad hasta 2012, en que fue removida por decreto del obispo D. Demetrio Fernández González. Fue entonces acogida en la iglesia del Juramento de San Rafael, su actual sede canónica.
En los primeros años, tras la aprobación canónica de 2006, hacía estación con Nuestra Señora de la Presentación en el templo de Santa Victoria. Pero una vez incorporado el Santo Cristo de la Universidad, que por la anchura de la cruz no permitía mantener el recorrido, pasó a hacer estación, a partir de 2011, en la Parroquia del Sagrario de la S.I.C., y así se ha mantenido hasta el nuevo trazado de la carrera oficial en 2017, con excepción de 2016, en que se suspendió la salida por amenaza de lluvia.
A pesar del cambio de sede canónica al Juramento de San Rafael, la Hermandad Universitaria ha seguido ligada a la Parroquia del Sagrario. Por cesión de nuestro anterior Párroco y Consiliario, R. P. D. Bartolomé Menor Borrego, ha disfrutado del uso de la Casa Parroquial, en la calle Samuel de los Santos Gener 5, desde 2007. Allí ha tenido su sede social y ha puesto en marcha Cáritas parroquial, ya bajo el siguiente y actual párroco, D. Manuel Pérez Moya. En 2015 obtuvo la Hermandad la cesión de la casa por parte del Obispado durante cuatro años, pero en 2017 éste ha denunciado el convenio a instancias del Sr. Cura Párroco y, en consecuencia, la Hermandad ha tenido que abandonarla el 13 de mayo. Atrás quedan las reuniones y cabildos, las charlas de formación y las convivencias, la recepción a otras hermandades, las conferencias y celebraciones, las cruces y los patios, recuperados por la Hermandad para esta casa y el esfuerzo de mantenerla cada vez más cuidada.
